Hunyadi János fia s V.László halála után, az 1463-ban Bécsből hozatott szent koronát e kiváló főpap tette Mátyás fejére.
1474-ben, mig Mátyás király hadaival Csehországban és Morvában járt, a szendrői basa átkelt a Dunán, majd a Maroson s febr. 7-én hajnalban megrohanta Váradot s a várost gyorsan el is foglalta, de a várat védelemre készen találta. Midőn látta, hogy a várat bevenni nem tudja, dühében a várost kifosztotta, lakóinak véneit legyilkoltatta s a férfiakat és nőket rabszijra füzette, végül a várost felgyujtatta.
E pusztitás után a király, a püspök és a káptalan együttesen fogtak a romok felépitéséhez s az igy elnéptelenedett város néhány évtized alatt a csapást kiheverte.
Majd jött Dózsa György lázadása. Amig Dózsa György Gyulánál állott, addig a románok a kereszt jelvénye alatt Lőrincz (Flórián) pap vezetése alatt Váradot szállották meg. A váradi várat Pöstyén Gergely kapitány védte. Váradnak szorongatott helyzetéről értesült Szapolyai János erdélyi vajda, ki azonnal elküldte Tomory Pál kapitányt seregével a város segitségére. Pöstyéni hada megerősödve a Tomory seregével, a Bihar felé vonuló Lőrinczet üldözőbe vette s a lázadókat szétverte.
1514-ben a nagyon fiatal Perényi Ferenc lépett a váradi püspöki székbe s neki jutott a szerep,

hogy Szent László városát ujra alakitsa. A fiatal püspök 1526-ban a mohácsi csatában esett el.
A Szapolyay János és I. Ferdinánd között vivott harcokban Várad volt a nemzeti király fővárosa. (Várad polgárai elérték azt, hogy két király versengett érettök. Mikor Nagyvárad és a Tiszán inneni részek Szapolyay Jánost királlyá kiáltották ki, 1538-ban, Váradon a két király között megköttetett a béke. I. Ferdinánd császár elismerte Szapolyay királyi jogait azon feltétellel, hogy halála után az egész terület visszaszáll a Habsburg koronára.
Ezen időben Várad püspöke az alacsony sorsból a legfőbb papi méltóságra emelkedett lánglelkü főpap Martinuzzi, másképpen Fráter György volt, ki az akkoriban keletkező reformációt nem engedte lábrakapni s igy az, az ő püspöksége alatt sem Váradon, sem a környéken nem boldogult.
Szapolyay János halála után I. Ferdinánd nem érvényesithette a váradi békében szerzett királyi jogait, mert Izabella özvegy királyné, fia János Zsigmond nevében behivta a törököket, Szoliman pedig megverte a császári hadat.
Fráter Györgyöt 1551-ben Alvincen meggyilkolták s a váradi püspöki székben utóda Zabardi Mátyás lett. Az ő életében Váradon és az alvidéken mindenki I. Ferdinánd hive volt, de halálával egyszerre feltámadt a