reformáció és Izabella királyné hivei: köztük Varkocs Tamás fegyverre kaptak s 1556-ban ostrom alá vették a várat, azt feladás folytán be is vették és a Lengyelországból visszatért Izabella 1558-ban Váradot tette fövárosává. A közigazgatást és birói jog gyakorlását a vármegye vette át egészen, a püspökség és káptalan megszünt, birtokai koronabirtokká lettek, amelyeket még a katholikus Báthoriak is megtartottak. Várad püspökeit ezen időben is a magyar királyok nevezték ki, de váradi székhelyüket 1692-ig nem láthatták.
1556-tól 1660-ig Várad az erdélyi fejedelmek uralkodása alatt állott.
1598-ban ujabb nagy csapás érte Váradot. Omar basa 48.000 tábort ütött Püspökinél. A váradi várat ekkor csak 2000 főnyi sereg védelmezte Rödern Menyhért tábornok, Nyiri Pál és gróf Izoláni vezetése alatt. Az ostrom október 1-től november 3-ig tartott, mialatt Omár basa 13.000 emberét elvesztette. Felhagyott az ostrommal s miután amég éppen maradt házakat felgyujtotta, november 3-án seregével elvonult Szolnok felé.
E hosszu ostrom alatt a védők hősiességéről csodás dolgokat jegyez fel a történelem. Az egri hősnőkhöz hasonlóan viselkedtek a váradi nők is s derekasan kivették részüket a vár védelmében. Ez a hősies védelem egy

időre megmentette Váradot a törököktől.
II. Rákóczy György halála után, Ali basa 60.000 főnyi sereggel 1660-ban ostrom alá vette Váradot s a 850 főre tehető védőrség, kiket az asszonyok is támogattak a vár védelmében, a negyvennégy napig tartó ostrom alatt rohamot-roham után vertek vissza. E hősi küzdelemben a védők serege 300-ra olvadt le, de már a vár is oly összelőtt s lerombolt állapotba jutott, hogy Balog Máté várkapitány feladta a vár védelmét s kitüzette a vártornyára a fehér lobogót.
A törökök ostroma alatt Várad annyira elpusztult, hogy - mint Bunyitay irja - _"Nem hirdette többé semmi, hogy itt egykor a vallás a hazafisággal, a tudomány a müvészettel karöltve munkált s nagyot és nemeset alkotott."
Várad 1660-tól 1692-ig volt a törökök kezén s ezzel régi fényéből a sugár is kialudt. Várad ugy, ahogyan azt Szent László király hagyományainak örökösei: Árpád és vegyesházi királyok s a váradi püspökök hazafiassága és müvészetszeretete kifejlesztette, csak 1557-ig állott fenn. A 32 évig tartó török uralom alatt Várad közigazgatását fölváltva 12 pasa látta el, kiknek legfőbb dolguk volt, hogy az összes keresztény templomokat a földig lerombolják.